これらの物質の中には、潜在的に有害である可能性のあるものも含まれています。したがって、体はこれらの潜在的な脅威から自身を守るために、腸に大量の免疫細胞を配置しています。腸の免疫システムは非常に複雑で、さまざまな種類の免疫細胞が含まれています。これらの細胞は、有害な微生物を認識し、攻撃する能力を持っています。また、免疫システムは「善良な」微生物(つまり、腸内フローラとして知られる、体に有益な細菌群)と有害な微生物を区別する能力も持っています。したがって、腸には免疫細胞が多く存在する理由は、この部位が
外部環境と頻繁に接触し、体を潜在的な脅威から保護するための主要な防衛ラインであるからです。